Η συλλογή του Μουσείου περιλαμβάνει περίπου 2500 εκθέματα. Το μεγαλύτερο της μέρος αποτελείται από ταριχευμένα θηλαστικά, πτηνά, ψάρια, ερπετά και έντομα, καθώς και πετρώματα, ορυκτά, ημιπολύτιμους λίθους, όστρακα, απολιθώματα και άλλα.
Στην πρώτη αίθουσα του Μουσείου, παρουσιάζονται χαρακτηριστικά ιζηματογενή και ηφαιστιογενή πετρώματα και ορυκτά της Κύπρου, από το Τρόοδος, την Μεσαορία και άλλες περιοχές.
Η οροσειρά του Τροόδους αποτελείται αποκλειστικά από Οφιολιθικά πετρώματα 90 εκατομμυρίων χρόνων. Είναι πλούσια σε κοιτάσματα αμιάντου, χρωμίτη, χαλκούχων σιδηροπυριτών, καθώς και ενδιαφέρουσες συγκεντρώσεις χρυσού και αργύρου.
Αυτή η οροσειρά αποτελεί κομμάτι του Ωκεάνιου Φλοιού και ανώτερου μανδύα της Γης, που αποσπάστηκε από την αρχική του θέση και σταδιακά ανυψώθηκε στη σημερινή, λόγω κατάδυσης της Αφρικανικής λιθοσφαιρικής πλάκας κάτω από την Ευρασιατική.
Η οροσειρά του Πενταδακτύλου, η παλαιότερη από τις δύο οροσειρές σχηματίστηκε πριν από 130-220 εκατομμύρια χρόνια και αποτελείται από αλλόχθονα ασβεστολιθικά πετρώματα, που ωθήθηκαν στη σημερινή τους θέση πριν από 10-20 εκατομμύρια χρόνια περίπου. Μερικοί απ’ αυτούς τους σχηματισμούς επωθήθηκαν νοτιότερα πάνω στα αυτόχθονα νεότερα θαλάσσια ιζήματα της περιοχής της Κυθρέας και Λαπήθου.
Η πεδιάδα της Μεσαορίας, που ως πριν 120χιλ. χρόνια ήταν μία αβαθής θάλασσα, είναι η νεώτερη γεωλογικά περιοχή της Κύπρου. Αποτελείται από ασβεστιτικούς ψαμμίτες, απολιθωματοφόρες μάργες, αποθέσεις αμμοχαλίκων που προήλθαν από τη διάβρωση κυρίως των οφιολιθικών πετρωμάτων του Τροόδους καθώς επίσης και προσχώσεις.
Η ηλικία τους είναι μεταξύ 0,5 και 5 εκατομυρίων χρόνων. Σε μερικά σημεία της Μεσαορίας, και συγκεκριμένα στην περιοχή που είναι γύρω από τη Λευκωσία, συναντούμε απολιθωμένα όστρακα της θάλασσας καθώς και άλλα είδη θαλάσσιας ζωής.
[Επιμέλεια: Π. Τζεφέρης]